3月12日，国际顶尖杂志Nature在线发表了同济大学海洋与地球科学学院李江涛副教授与合作者的最新研究成果“Recycling and metabolic flexibility dictate life in the lower oceanic crust”。该项研究分析了取自国际大洋发现计划（IODP）360航次的样品，揭示了海洋下洋壳岩石中存在的深部生命圈及其生存策略。

       过去近20年间，地球深部生命研究取得的重要进展之一便是发现了海底洋壳生物圈。由于洋壳在全球海底分布广泛，体积庞大，是全球海洋沉积物总体积的5倍左右，栖息于此的微生物规模不可忽视，它们对全球生物地球化学元素循环和海底地貌风化都具有重要的潜在影响。然而，受采样技术和条件的限制，对洋壳岩石生物圈的研究和认识还十分有限。目前，有限的研究几乎全部集中于洋壳表层的玄武岩中，而对占洋壳体积近三分之二的下洋壳，尽管认为其也是深部微生物的可栖息环境之一，目前还缺少直接的证据，对栖息于此的微生物及其对极端环境的应对策略也几乎一无所知，相关研究还是空白。

       2015年11月30日至2016年1月30日执行的IODP 360航次为科学家们研究下洋壳深部生物圈提供了良好的契机。位于西南印度洋洋中脊Atlantis II转换断层的Atlantis Bank，早期的构造运动将上洋壳剥蚀，导致下洋壳的岩石直接出露于海底，从而成为洞察洋壳深部生物的天然窗口。IODP 360航次在该地区进行了钻探取芯，获得了自海底以下809 m范围内的下洋壳辉长岩。

IODP 360航次采样位置示意及用于本次研究的部分岩芯

       研究自钻井取样伊始至后续室内分析均采取了严格的防污染措施，在近800 m的深度剖面上，自上而下选取了11个岩石样品用于分析测试。从细胞染色计数的结果来看，下洋壳辉长岩中的生物量极低，细胞丰度介于131～1660 cells/cm³，远低于正常海洋沉积物及上洋壳表层玄武岩中的生物量（约为10⁵～10⁹ cells/cm³）。此外，一系列证据表明岩石中这些微生物的细胞是完整、且能够进一步生长发育，证据包括：对岩石进行长期的富集培养，检测到了甲烷浓度的增加，表明产甲烷过程的发生（CH₄产率0.02～5.66×10^-2 nmol CH₄/g rock）；从大部分岩石中检测到了一定的ATP浓度，证明了活跃微生物的存在；部分样品中检测到了碱性磷酸酶的活性（0.04 ～2.3 pmol/cm³ h）等。

对不同深度岩石长期富集培养观察到的产甲烷现象

下洋壳辉长岩方解石脉中发现的有机碳聚集体

       通常认为下洋壳岩石的环境条件恶劣，营养物质匮乏，栖息于此的微生物所面临的一个巨大挑战便是如何获取足够的碳源和能量来满足基本的能量需求以支持其生长。该研究的一大亮点在于成功提取了超低生物量岩石样品中微生物的mRNA宏转录组，从基因表达水平解析了微生物在下洋壳岩石极端环境中的生存策略。基于酶活性测量和mRNA的获取率，栖息于下洋壳微生物的细胞活性似乎很低。mRNA宏转录组的结果证实了包括H₂氧化、CH₄氧化、硫/氮循环等海洋极端环境常见化能自养途径的存在。然而，出乎意料的是，宏转录组得到较为丰富的涉及异养过程的基因，其表达似乎要远高于自养过程，表明更多的微生物通过使用可发酵的有机大分子来适应下洋壳环境“慢车道”生活的策略。基因表达涉及的异养代谢过程包括肽聚糖的降解、多环芳烃PAH的降解、聚羟基脂肪酸酯PHA用作储碳/能源分子以及氨基酸的循环利用等。这些代谢途径反映了深部生物圈对有限和零星可用资源的竞争与适应。

不同深度岩石样品检测到的功能基因的RPKM values

       该项研究结果证实了下洋壳深部生物圈的存在，拓展了生物圈在地球圈层内部分布的下限。鉴于下洋壳在全球海底的广泛分布以及其巨大体积，栖息于此的微生物群落即使具有极低的生物量和较缓慢的生长速率，但它们仍然可能对全球物质循环产生重要的影响。

       同济大学海洋学院李江涛副教授和美国伍兹霍尔海洋研究所P. Mara博士为该论文的共同第一作者，同济大学海洋地质国家重点实验室为第一完成单位，美国伍兹霍尔海洋研究所V. P. Edgcomb博士为论文的通讯作者。该研究工作为国际合作的成果，研究成员来自于国际知名的海洋研究机构，除同济大学外，还包括美国伍兹霍尔海洋研究所、斯克利普斯海洋研究所、德州农工大学、德国不来梅大学、法国布雷斯特大学等。该研究分别获得国家自然科学基金（41772358）、科技部973计划（2012CB417302）、中国IODP以及美国国家科学基金会等的资助。

       原文链接：https://www.nature.com/articles/s41586-020-2075-5

Li, J., Mara, P., Schubotz, F., et al. 2020. Recycling and metabolic flexibility dictate life in the lower oceanic crust. Nature. https://doi.org/10.1038/s41586-020-2075-5.