国际大洋发现计划（IODP，2013-2023）的组织管理与运行模式延续了综合大洋钻探计划（IODP，2003-2013）阶段时的基本框架，还是美、日、欧三家领导，其他国家参与的形式，但在具体内容上有较大的改变。IODP的管理以三个钻探平台为核心，综合大洋钻探计划阶段的三个科学执行机构不变，仍然是： “决心号”科学执行机构（美国德州农工大学），“地球号”科学执行机构（日本海洋研究开发机构, JAMSTEC）和欧洲大洋钻探联盟科学执行机构（英国地质调查局、德国不莱梅大学和欧洲岩石物理联盟联合组成）。2003年新计划启动时制定的岩芯保管政策继续沿用，即分别位于美国德州农工大学（Gulf Coast Repository, GCR）、德国不莱梅大学（Bremen Core Repository, BCR）和日本高知大学（Kochi Core Center, KCC）的三个岩芯库按照海区划分的原则保管大洋钻探50年来的岩芯样品，开放给全世界科学家免费使用。

在运行和管理上最大的变化是取消了统一的国际管理总部——IODP国际管理公司（IODP-MI），而是由功能和人员都大幅压缩的科学支撑办公室（Science Support Office, SSO，由斯克里普斯海洋研究所负责）取代，承担建议书和井位调查数据库的接收和管理、IODP网站管理等基本任务。钻探船/平台的航次安排和运行监督则由三个新成立的平台管理委员会（Facility Board）负责，分别是“决心号”平台委员会、“地球号”IODP委员会和ECORD平台管理委员会。上述三个平台管理委员会由国际科学家代表、科学执行机构代表和资助机构代表组成，向各自的资助机构负责。另外一个重要的变化就是资金的流向发生变化，综合大洋钻探阶段，欧盟、中国、韩国、印度、巴西、澳新等成员所缴纳的会员费主要由IODP-MI支配，很少用到钻探船/平台的运行之中。2013年开始，美国NSF经费削减，每年给“决心号”的运行经费减至4500万美元，而“决心号”每年运行8个月的费用约为6400万美元，还有较大的缺口。因此NSF想出的办法是2013年后各钻探平台采用独立运行，分别寻找财政支持的模式，于是中国、韩国、印度、巴西、澳新等参与成员加上ECORD全部加入“决心号”钻探联盟，每年缴纳的会员费1450万美元用于支持“决心号”钻探船的运行，这在美国NSF经费削减的背景下，大大改善了“决心号”钻探船的运行状况。而日本“地球号”的运行费仍然来自于日本文部省的拨款，欧洲特定任务平台的运行费由ECORD各成员国缴纳的会费承担。

IODP（2003-2013）的科学咨询机构较为复杂，有科学规划与政策监督委员会（SPPOC）、科学规划委员会（SPC）、科学指导与评估工作组（SSEP）、环境保护与安全评估工作组、科学技术工作组、工业发展工作组等多个委员会和工作组。建议书的评审流程也相对漫长， IODP-MI负责接收来自科学家提交的建议书，然后分配给SSEP和STP分别进行科学和站位调查数据的评估，一份建议书往往通过多轮的反复修改，才能通过科学和站位调查的评估，耗时3-5年是常态。通过科学和站位调查评估的建议书被转到SPC进行科学规划评审，排名靠前的建议书被推荐至IODP-MI安排航次，在航次执行之前还必须通过EPSP的评审。通过科学评审，等待安排航次的建议书数量保持在30-40份左右，而三个平台每年能执行的航次最多6-7个，因此能够安排航次的建议书算是十分幸运的，常有领衔建议人已退休也等不到航次安排的情况发生。

相比综合大洋钻探计划，国际大洋发现计划的科学咨询机构有了很大的变化，主要着眼于简化流程、提高效率。2013年后的科学咨询机构通过调整合并，仅保留建议书评估组（PEP）、站位特性组（SCP）和环境保护与安全评估组（EPSP），后来干脆将PEP和SCP合二为一，称为科学评估组（SEP），SEP和EPSP的名额根据各国给“决心号”运行贡献的大小来分配。改革后，建议书评审的效率大大提高，建议书评审一般在1-3年内便有结果，要么被转移至各平台管理委员会等待安排航次，要么被终止。原科学咨询机构中STP和EDP等的职能转移至执行机构（IO），在遇到科学技术或工程发展等方面的问题时，由IO召集临时小组解决。

由于IODP-MI取消之后，各成员国没有在整个计划层面交流沟通的平台，因此新成立了IODP论坛（Forum），其主要功能是对IODP的执行情况进行评估，指导IODP 2013~2023年科学计划得到贯彻，为各平台运行方提供建议，同时也是IODP各成员交流信息和交换意见的平台。IODP论坛每年一次的会议由各成员国的科学家、资助机构、执行机构和科学管理机构的代表参加，其他大型科学计划（如ICDP、OOI等）及潜在的成员国可派出代表作为联络员参加IODP论坛的会议。这样就形成了新的IODP组织和管理的框架：

 国际大洋发现计划组织管理与运行框架

新框架下建立了科学目标统一规划、钻探任务分头实施的新机制，美国、日本和ECORD的三个钻探平台独立运行管理，各成员国通过分别加入这三个平台联盟的方式来参与IODP的科技活动。从IODP前6年的运行情况来看，新的管理机制运行良好，各平台根据自己的财政状况灵活高效地安排实施航次，其中以 “决心号”运行管理最为成功。在未来的国际大洋钻探中，这种管理模式将继续沿用，新的机制也有利于新生力量的加入，如中国正在积极推进成为IODP的第4个平台提供者。